Séminaire de statistique, Université Laval, 11 novembre 2010

le 8 novembre 2010 à 13:33
Jean-Francois Plante

Le jeudi 11 novembre 2010, à 13 h 30, en la salle 2548 du pavillon Adrien-Pouliot.

Méthodes de Maximum de vraisemblance pour la reconstruction informatique des scénarios d’évolution des génomes
Abdoulaye Baniré Diallo, Département d’informatique, Université du Québec à Montréal

Au cours de cette présentation, je présenterai de nouveaux algorithmes qui utilisent le critère de maximum de vraisemblance pour effectuer la reconstruction de génomes ancestraux. La reconstruction des génomes ancestraux pourraient être divisée principalement en deux grands axes : (1) étant donné des séquences d’ADN alignés, prédire la composition en ADN des ancêtres ; (2) Étant donné un groupe de gènes pour plusieurs espèces, prédire les gènes présents dans les différents ancêtres, en tenant compte des phénomènes d’évolution possibles tels que : la duplication, la perte et le transfert horizontal de gènes. Beaucoup de problèmes génomiques dépendent directement ou indirectement de la reconstruction de l’histoire évolutive des nucléotides dans le génome, et donc de la reconstruction des ancêtres. Il a été montré récemment que la forme de phylogénie d’un groupe de mammifères incluant l’humain permet la reconstruction du génome de son ancêtre avec une grande précision (Blanchette et al. 2004). Je présenterai un modèle de Markov Caché basé sur une phylogénie pour calculer la vraisemblance des scénarios d’insertion, de délétion et de substitution de nucléotides le long des différentes branches d’un arbre phylogénétique (Diallo et al. 2010, Diallo et al. 2007). Je présenterai l’utilisation de ce modèle dans la recherche de séquences associées au cancer du col de l’utérus (Diallo et al. 2009) et la reconstruction des séquences ancestrales des bactériophages. Je terminerai cet exposé, par la présentation d’une approche de maximum de vraisemblance pour la réconciliation entre un arbre phylogénétique de gène et un arbre phylogénétique d’espèce. Ce qui permet de prédire de l’origine du gène réconcilié et les phénomènes de duplications, pertes et transferts de gènes associés.

Diallo, A.B., Blanchette, M. and Makarenkov, V. (2010): Ancestors 1.0: A web server for ancestral Genome reconstruction. Bioinformatics, 26(1), 130-131.

Diallo, A.B., Badescu, D., Blanchette, M. and Makarenkov, V. (2009): A whole genome study and identification of specific carcinogenic regions of the Human Papilloma Viruses. Journal of Computational Biology, 16 (10), 1461-73.

Diallo, A. B., Makarenkov, V., and Blanchette, M. (2007): Exact and heuristic method to the indels maximum likelihood problem. Journal of Computational Biology. 14 (4), 446-461.

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